RNA-Seq (Kvantifikace)

1. Katalogová čísla

  • RA-401: RNA-Seq(Kvantifikace)
  • SP-201-1401: Konstrukce RNA-Seq knihovny (Kvantifikace) 
  • HS-101-1001: 50 SE sekvenování
  • BA-101-1401: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1401: Bio informatická analýza

2. Účel a význam

RNA-Seq (Kvantifikace) se používá pro analýzu genové exprese určitých biologických objektů za určitých podmínek. Je to finančně efektivní způsob kvantifikace, který poskytuje vysokou reprodukovatelnost, vysokou přesnost a široký dynamický rozsah. RNA-Seq (Kvantifikace) může být aplikována při studiu reakcí na léky, detekci biomarkerů, v základním lékařském výzkumu a vývoji léků.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorku Integrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorku Pro konstrukci 1 knihovny - pro člověka, krysy a myši: celková RNA≥2ug; U ostatních vzorků: celková RNA≥5 ug
Koncentrace vzorku Pro člověka, krysy a myši: koncentrace ≥80ng/ul; pro ostatní vzorky: ≥200ng/ul
Čistota vzorku 28S:18S > 1.0; pro živočichy RIN ≥ 7.0, pro rostliny RIN≥ 6.5; OD260/280 ≥1.8; OD260/230 ≥ 1.8
Strategie konstrukce knihovny

Knihovna krátkých insertů: cca 200 bp krátké inserty

Sekvenční strategie 50 SE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Genová exprese a anotace
  4. Analýza odlišné genové exprese (měly by být k dispozici 2 nebo více vzorků)
  5. Analýza expresního profilu diferenciálně exprimovaných genů (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  6. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  7. GO klasifikace (WEGO analýza)
  8. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  9. Analýza protein-protein interakcí (pouze pro člověka a myši, databáze protein-protein interakcí cílového organismu musí být poskytnuta zákazníkem)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončení Čistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracování Standardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).

Chcete spolupracovat s BIOGEN Praha? Kontaktujte nás

Položky označené hvězdičkou (*) jsou povinné.



Zasílání novinek e-mailem

Zadejte Váš e-mail a nechte si zasílat novinky a zajímavé informace do vaší e-mailové schránky.

Zasílání novinek e-mailem

Rychlý kontakt

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
E-mail:

>> Kontakty společnosti
>> Kontakty na biobary

© 2017, BIOGEN PRAHA s.r.o. – všechna práva vyhrazena

Prohlášení o přístupnosti | Podmínky užití | Ochrana osobních údajů | Mapa stránek

Webové stránky vytvořila eBRÁNA s.r.o. | Vytvořeno na CMS WebArchitect | SEO a internetový marketing

Nahoru ↑