Přečtěte si vše o nových MLPA kitech


SALSA® MLPA® probemix P060-B2 SMA

Tento kit je určený k použití s kitem SALSA® MLPA® EK1 (100 reakcí) nebo EK5 (500 reakcí). Slouží pro in vitro diagnostiku (IVD) nebo pouze pro výzkumné účely (RUO) a detekuje změny v počtu kopií exonů 7 a 8 SMN1 a SMN2 u přenašečů spinální muskulární atrofie (neuromuskulární porucha charakterizovaná degenerací buněk předních míšních rohů, která vede k symetrické svalové slabosti a atrofii).

SALSA® MLPA® kit P060 SMA obsahuje 21 MLPA sond s amplifikačními produkty mezi 154 a 342 nt včetně 2 sond pro SMN1 a SMN2 a 17 referenčních sond, které detekují sekvence mimo tuto oblast. Více o tomto kitu si přečtěte v našem článku.

SALSA MLPA EK20 reagent kit

  • EK20-FAM: SALSA MLPA EK20 reagent kit (2 000 reakcí)

Kit je určen pro použití v kombinaci s SALSA® MLPA® a MS-MLPA® sondami. Tento kit je k dispozici pouze s fluorescenčním barvivem FAM a je vyvinut pro vysokovýkonné MLPA analýzy.

Tabulka 1: Obsah kitu SALSA MLPA EK20

SALSA® MLPA® reagent Volume Ingredients
1 SALSA MLPA buffer (yellow cap; yellow label) 4 x 700 µl KCl, Tris-HCl,  EDTA, PEG-6000, nucleotides. pH 8.5
2 SALSA Ligase -65 (green cap) 4 x 460 µl Glyrecol, non-ionic detergent, EDTA, Beta - Mercaptoethanol (0.1 %), KCl, Tris-HCl, Ligase enzyme (bacterial origin). pH 7.5
3 Ligase Buffer A (transparent cap) 4 x 1420 µl Coenzyme NADH pH 3.5
4 Ligase Buffer B (white cap) 4 x 1420 µl Tris-HCl, non-ionic detergent, MgCl2, pH 8.5
5 SALSA PCR primer mix (brown cap) 4 x 940 µl Synthetic oligonucleotides with fluorescent dye - FAM, dNTPs, Tris, EDTA, pH 8
6 SALSA Polymerase (orange cap) 4 x 240 µl Glyrecol, non-ionic detergent, EDTA, DTT (0,2 %), KCl, Tris-HCl, Polymerase enzyme (bacterial origin), pH 7.5

Žádná z těchto složek není odvozena od lidí, zvířat nebo patogenních bakterií. Na základě
obsažených koncentrací není žádná ze složek nebezpečná - jak je definováno ve sdělení Hazard Communication Standard. Bezpečnostní list není potřeba -  žádný z přípravků neobsahuje nebezpečné látky (podle směrnice 67/548 / EHS a změny) v koncentracích, které vyžadují distribuci bezpečnostního listu (podle směrnice 1999/45 / EHS, 2001/58 / EHS). Prohlášení "Bezpečnostní list není potřebný" najdete případně na webových stránkách mlpa.com. Můžete ho použít pro MLPA sondy a reagenční kity.

Skladování a trvanlivost

Všechny součásti reakčního kitu SALSA® MLPA® musí být přímo po doručení uloženy při teplotě -15 °C až -25 °C ve tmě a v původním obalu. Pokud se skladují za doporučených podmínek, je zaručena trvanlivost minimálně 1 rok. Podívejte se, prosím, na popisky na každé lahvičky, kde je uvedeno datum expirace každého činidla. Reagencie nesmí být vystaveny více než 25 cyklům zmrazení a rozmrazení.

Potřebný materiál, který není součástí kitu: Kalibrovaný termocykler s vyhřívaným víkem, přístroj kapilární elektroforézy a jiné laboratorní vybavení dle potřeby. (Self-made) (MS) MLPA probemix je potřeba pro provedení MLPA.

Účel použití

Principy MLPA metody (Schouten a kolektiv, 2002) jsou popsány v MLPA obecném protokolu

Tento kit SALSA® MLPA® je určen pouze pro výzkum (RUO) a může být použit pouze v kombinaci s MLPA sondami.

Bezpečnostní opatření a varování

Pouze pro profesionální použití. Vždy si před použitím pročtěte nejnovější popis produktu a MLPA nebo MS-MLPA obecný protokol. Je odpovědností uživatele, aby se seznámil s nejnovějšími vědeckými poznatky, než bude vyvozovat závěry z výsledků získaných s tímto produktem.

Související SALSA® MLPA® produkty

  • EK1-FAM* a EK5-FAM*: MLPA reagenční kity pro 100 a 500 reakcí (* Primery s následujícími fluorescenčními barvivy jsou také k dispozici: Cy5, IRD800, ROX, bez značení).

SALSA MLPA P448 PARD3

Intragenové delece v genu PARD3 byly detekovány u dlaždicových karcinomů jícnu, hlavy a krku, plic, a také u glioblastomů. Kromě toho, ztráta PARD3 zřejmě podporuje tvorbu metastáz u rakoviny prsu a onkogenezi. Tento kit obsahuje sondy pro každý exon genu PARD3 v 10p11.21. Navíc, do kitu bylo zahrnuto pět sond pro hraniční oblasti genu PARD3 pro stanovení rozsahu změn v počtu kopií.

  • Bonastre E. a kolektiv (2015). PARD3 inactivation in lung squamous cell carcinomas impairs stat3 and promotes malignant invasion. Cancer Res. 75(7):1287-97.

SALSA MLPA P458

Tento kit obsahuje 46 sond pro následující geny, které mají diagnostický a / nebo klinický význam u rakoviny žaludku: PIK3CA (3q26), EGFR (7p11), CDK6 (7q21), MET (7q31), GATA4 (8p23), FGFR1 (8p11), MYC (8q24), PTP4A3 (8q24), FGFR2 (10q26), CCND1 (11q13), KRAS (12p12), KLF5 (13q22), ERBB2 (17q12), TOP2A (17q21), GATA6 (18q11), CCNE1 (19q12).


SALSA MLPA P466 CDC73

Zárodečné inaktivační bodové mutace a delece v genu CDC73 (také známý jako HRTP2) jsou zodpovědné za syndrom hyperparatyreózy asociované s tumory čelisti. Aberace CDC73 jsou také detekovány u familiární primární hyperparatyreózy. Tento kit obsahuje sondy pro každý exon genu CDC73 (dvě sondy pro exon 17), jednu sondu pro B3GALT2 gen, který je umístěn v obrácené orientaci v intronu 10 genu CDC73, a pět sond pro hraniční oblasti genu CDC73 pro stanovení rozsahu změn v počtu kopií.


SALSA MLPA P458 Gastric cancer

  • aplikace: nádor žaludku
  • oblast: různé
  • verze: B1

Rakovina žaludku je agresivní onemocnění s celkovým 5letým přežitím ~ 20 %. A je to v pořadí druhý nádor (po rakovině plic) s nejvyšší roční úmrtností na rakovinu. Klinický výsledek u pacientů s nádorem žaludku se postupně zlepšuje, avšak prognóza pacientů s pokročilou fázi je stále velkým zklamáním. Část karcinomů žaludku nese amplifikaci určitých receptorových tyrosin kináz (RTK), např. ERBB2, FGFR2, KRAS a MET, které jsou spojeny s progresí rakoviny žaludku. Inhibitory těchto RTK jsou již k dispozici a mohou být účinně použity v cílené léčbě u pacientů s karcinomem žaludku. Tento kit zahrnuje sondy pro nejdůležitější genomické změny, které by mohly být použity jako prediktivní biomarkery, nebo jako markery pro rezistenci nebo citlivost u cílené léčby karcinomu žaludku.

Tento P458-B1 kit obsahuje 46 sond pro následující geny, které jsou navrženy jako diagnosticky a/nebo klinicky významné u karcinomu žaludku:

  • PIK3CA (3q26)
  • EGFR (7p11)
  • CDK6 (7q21)
  • MET (7q31)
  • GATA4 ( 8p23)
  • FGFR1 (8p11)
  • MYC (8q24)
  • PTP4A3 (8q24)
  • FGFR2 (10q26)
  • CCND1 (11q13)
  • KRAS (12p12)
  • KLF5 (13q22)
  • ERBB2 (17q12)
  • TOP2A (17q21)
  • GATA6 ( 18q11)
  • CCNE1 (19q12)

Navíc, 15 referenčních sond bylo zahrnuto do tohoto kitu pro detekci autozomálně chromozomálních míst, které jsou relativně stabilní v počtu kopií u rakoviny žaludku. Je však třeba uvést, že karyotypy u nádoru žaludku mohou skrývat více numerických a strukturálních aberací, což může komplikovat interpretaci těchto referenčních sond.

Tento SALSA® MLPA® kit je určen pro detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35-50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme žádné informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.


SALSA MLPA P448 PARD3

  • aplikace: PARD3
  • oblast: 10p11.21-p11.22
  • verze: B1

Proteiny PARD, které byly poprvé identifikovány v C. elegans, jsou nezbytné pro asymetrické buněčné dělení a polarizovaný růst. Intragenové mikrodelece v PARD3 genu byly detekovány u dlaždicových karcinomů jícnu, hlavy a krku, plic, ale také u glioblastomů (Rothenberg SM a kolektiv 2010, Cancer Res 70:2158-64). Kromě toho, ztráta genu PARD3 podporuje metastáze u nádoru prsu a onkogenezi, a to snížením koheze mezi buňkami a inhibicí stability zajištěnou spojovacím proteinem E-kadherinem (B Xue a kolektiv 2013, Nat Cell Biol. 15:189-200). Ve studii Bonastre E a kolektiv (2015), byly změny PARD3 nalezeny u 8 % dlaždicových karcinomů plic (LSCC), což zařadilo PARD3 mezi nejčastěji postižené tumor-supresorové geny u této malignity. Tato studie ukazuje, že deaktivace PARD3 podporuje agresivitu nádoru a tvorbu metastáz prostřednictvím poškození STAT3 (Bonastre E a kolektiv 2015, Cancer Res, 75:1287-1297).

Tento P448-B1 PARD3 kit obsahuje sondy pro každý exon genu PARD3 na 10p11.21. Navíc, pět sond bylo zahrnuto do přilehlé oblasti genu PARD3, což pomáhá stanovit rozsah změny v počtu kopií. Dále je v kitu zahrnuto 15 referenčních sond, které jsou umístěny v oblastech genomu, jež jsou ve většině typů nádorů relativně stabilní (bez defektů). Je však třeba uvést, že nádorové genomy mohou skrývat více numerických a strukturálních aberací, což může komplikovat interpretaci těchto referenčních sond.

Tento SALSA® MLPA® kit je určen pro detekci změn v počtu kopií jedné nebo více sekvencí ve výše uvedených genech ve vzorku DNA. Heterozygotní delece by měla vykazovat o 35-50 % nižší relativní hodnotu signálu (píku). Všimněte si, že mutace nebo polymorfismu v cílové sekvenci může také vést ke snížení relativní výšky signálu (píku), a to i když není umístěn přímo v místě ligace! Kromě toho, některé signály jsou citlivější na čistotu vzorku a na změny v experimentálních podmínkách. Z tohoto důvodu, delece a duplikace zjištěné MLPA by měly být vždy potvrzeny jinými metodami. Ne všechny delece a duplikace detekované MLPA budou patogenní, uživatelé by měli vždy ověřit nejnovější vědecké poznatky při interpretaci svých výsledků. Nemáme žádné informace o tom, jaké procento defektů v uvedených genech je způsobeno delecí/duplikací celých exonů. V neposlední řadě je nutné si uvědomit, že většina defektů v genech mohou být malé (bodové) mutace, které nebudou metodou SALSA MLPA detekovány.


SALSA MLPA P459 SERPINA1 probemix

  • aplikace: Alpha-1-antitrypsin (AAT)-deficience
  • oblast: 14q32.13
  • verze: A1
Kategorie číslo Popis
P459-025R SALSA MLPA P459 SERPINA1 probemix – 25 rxn
P459-034R SALSA MLPA P459 SERPINA1 probemix – 34 rxn
P459-050R SALSA MLPA P459 SERPINA1 probemix – 50 rxn
EK1-FAM SALSA MLPA EK1 reagent kit – 100 rxn - FAM
EK1-Cy5 SALSA MLPA EK1 reagent kit – 100 rxn - Cy5
EK5-FAM SALSA MLPA EK5 reagent kit – 500 rxn - FAM
EK5-Cy5 SALSA MLPA EK5 reagent kit – 500 rxn - Cy5

Popis

Alpha-1 antitrypsinu (AATD) je autosomálně recesivní onemocnění, charakterizované zvýšeným rizikem chronické obstrukční plicní nemoci (COPD) u dospělých a jaterního onemocnění u dětí i dospělých. Mimo jiné, může vést k cirhóze a panikulitidě. Defekty v SERPINA1 genu na chromozomu 14 jsou hlavní příčinou AATD. Protein kódovaný tímto genem je alfa-1-antitrypsin (AAT), také známý jako inhibitor proteázy (PI). Nejdůležitější role AAT je inhibice neutrofilní elastázy, což je proteáza degradující elastin v alveolárních stěnách a degraduje i další strukturní proteiny v různých tkáních. Defekty v SERPINA1 genu mohou vést k poškození tkáně v důsledku nekontrolované aktivity elastázy.

Gen SERPINA1 (7 exonů) pokrývá ~ 13,9 kb genomové DNA a je umístěn na 14q32.13, 94,8 Mb od p-telomery. P 459-A1 kit obsahuje jednu sondu pro každý exon genu, dvě sondy pro exon 4 a jednu sondu pro intron 2.
Kromě toho, 12 referenčních sond je obsaženo v tomto kitu pro detekci několika oblastí na různých autozomálních chromozomech.


SALSA MLPA P465 ACADM probemix

  • aplikace: Medium-chain acyl-CoA dehydrogenase (MCAD) deficience
  • oblast: 1p31.1
  • verze: A1
Kategorie číslo Popis
P465-034R SALSA MLPA P465 ACADM probemix – 34 rxn
P465-050R SALSA MLPA P465 ACADM probemix – 50 rxn
P465-100R SALSA MLPA P465 ACADM probemix – 100 rxn
EK1-FAM SALSA MLPA EK1 reagent kit – 100 rxn - FAM
EK1-Cy5 SALSA MLPA EK1 reagent kit – 100 rxn - Cy5
EK5-FAM SALSA MLPA EK5 reagent kit – 500 rxn - FAM
EK5-Cy5 SALSA MLPA EK5 reagent kit – 500 rxn - Cy5

Popis

Medium Chain-Acyl-koenzym dehydrogenázová (MCAD) deficience (OMIM 201450) je porucha beta-oxidace mastných kyselin. β-oxidace mastných kyselin stimuluje jaterní ketogenezi, což je hlavní zdroj energie pro periferní tkáně, když jsou zásoby glykogenu spotřebovány. Tato porucha je charakterizována intolerancí k dlouhodobému hladovění, poruchami ketogeneze, nízkou hladinou karnitinu v plazmě a tkáních. Tato porucha může být závažná a dokonce fatální u mladých pacientů. Defekty v ACADM genu na chromozomu 1 jsou hlavní příčinou MCAD deficience. Většina známých patologických defektů jsou bodové mutace, ale několik článků popisuje menší a větší delece v ACADM genu.

Gen ACADM (12 exonů) pokrývá ~ 39,3 kb genomové DNA a je umístěn na 1p31.1, 76 Mb od p-telomery. P465-A1 kit obsahuje jednu sondu pro každý exon genu a dvě sondy pro exon 12. Kromě toho, jedna sonda je přidána pro detekci divokého typu alely mutace 985A> G (p.Lys304Glu). Snížený nebo žádný signál pro tuto sondu může znamenat heterozygotní nebo homozygotní 985A> G mutaci. Tato mutace je zodpovědná za 67 % alel u jedinců s MCAD deficiencí na základě novorozeneckého skríningu a klinických výsledků testování v různých populacích (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1424/).

Navíc, tři doprovodné sondy, které se zaměřují na LHX8, FUBP1, a BCL10 geny, jsou zahrnuty v tomto kitu. Tyto sondy usnadňují určení rozsahu delece nebo duplikace včetně ACADM genu. Kromě toho, devět referenčních sond je zahrnuto v tomto kitu a jsou lokalizovány na několika různých autozomálních chromozomech.

Máte zájem o nové MLPA kity? Kontaktujte nás.

Položky označené hvězdičkou (*) jsou povinné.



Zasílání novinek e-mailem

Zadejte Váš e-mail a nechte si zasílat novinky a zajímavé informace do vaší e-mailové schránky.

Zasílání novinek e-mailem

Rychlý kontakt

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
E-mail:

>> Kontakty společnosti
>> Kontakty na biobary

© 2017, BIOGEN PRAHA s.r.o. – všechna práva vyhrazena

Prohlášení o přístupnosti | Podmínky užití | Ochrana osobních údajů | Mapa stránek

Webové stránky vytvořila eBRÁNA s.r.o. | Vytvořeno na CMS WebArchitect | SEO a internetový marketing

Nahoru ↑