Digitální Tag profilování genové exprese u eukaryot

1. Katalogová čísla

  • RA-201: Digitální Tag profilování genové exprese u eukaryot
  • SP-201-1201: Konstrukce knihovny na základě Tag expresního profilování
  • HS-101-1001: 50 SE sekvenování
  • BA-101-1201: Standardní bioinformatická analýza
  • BA-301-1201: Bioinformatická analýza na zakázku

2. Účel a význam

Celogenomová analýza genové exprese je základní analýza ve funkční genomice a lékařském výzkumu. S pomocí vysoko kapacitních sekvenačních technologií nové generace a vysoce výkonné výpočetní technice, digitální profilování genové exprese (DGE) může být použito pro ekonomickou a rychlou detekci genové exprese celého genomu v určité tkáni za určitých podmínek. DGE našlo své využití v oblastech, jako je základní vědecký výzkum, lékařský výzkum a výzkumu a vývoji léku.

3. Experimentální postup a metody

Experimentální postup a metody

4. Požadavky na vzorky

Stav vzorku Integrovaná celková RNA, která byla ošetřena DNázou. Vyhněte se kontaminaci proteiny při izolaci RNA.
Množství vzorku Pro konstrukci 1 knihovny - celkováRNA≥4 ug;
Koncentrace vzorku

koncentrace≥80ng/ul

Čistota vzorku OD260/280 ≥ 1.8; OD260/230 ≥ 1.8; živočichové RIN ≥ 7.0, rostliny a houby RIN ≥ 6.5; OD260/280 ≥ 1.8; OD260/230 ≥ 1.8; 28S:18S ≥ 1.0
Strategie konstrukce knihovny

21 bp tag knihovna

Sekvenční strategie 50 SE Sekvenování
Obsah bioinformatické analýzy

Standardní bioinformatická analýza

  1. Filtrování dat zahrnuje odebrání adaptérů, kontaminace a nekvalitních čtení ze syrových čtení
  2. Posouzení sekvenování (Statistika přiřazení, hodnocení náhodnosti sekvenování, distribuce čtení na referenčním genomu)
  3. Anotacegenové exprese
  4. Analýza odlišné genové exprese (skríning odlišně exprimovaných genů-DEG, experimentální opakovatelnost analýzy DEG)
  5. Anotace anti-sense transkriptů
  6. Detekce nových transkriptů (referenční genom musí být poskytnut)
  7. Analýza expresního profilu DEG (Zákazník musí určit, které geny mají být zahrnuty do komparativní analýzy genové exprese, například geny se signifikantně odlišnou expresí v porovnání se vzorky léčených hormonem 2 hodiny, 4 hodiny a 8 hodin)
  8. GO analýza diferenciálně exprimovaných genů
  9. GO klasifikace (WEGO analýza)
  10. Analýza obohacení signálních cest diferenciálně exprimovanými geny
  11. Analýza protein-protein interakcí (pouze pro člověka a myši, databáze protein-protein interakcí cílového organismu musí být poskytnuta zákazníkem)

Bioinformatická analýza na zakázku

Můžeme také provést analýzu na zakázku pro splnění požadavků konkrétních projektů.

Ukazatel dokončení Čistá výstupní data by neměla být menší, než je požadováno ve smlouvě.
Doba zpracování Standardní doba odezvy pro tento postup (viz výše) je 30 pracovních dní (více dnů bude uvedeno při 20 a více vzorků).

Chcete spolupracovat s BIOGEN Praha? Napište nám

Položky označené hvězdičkou (*) jsou povinné.



Zasílání novinek e-mailem

Zadejte Váš e-mail a nechte si zasílat novinky a zajímavé informace do vaší e-mailové schránky.

Zasílání novinek e-mailem

Rychlý kontakt

BIOGEN PRAHA s.r.o.
Ke sv. Izidoru 2293/4A
140 00 PRAHA 4

Tel.: +420 241 401 693
E-mail:

>> Kontakty společnosti
>> Kontakty na biobary

© 2017, BIOGEN PRAHA s.r.o. – všechna práva vyhrazena

Prohlášení o přístupnosti | Podmínky užití | Ochrana osobních údajů | Mapa stránek

Webové stránky vytvořila eBRÁNA s.r.o. | Vytvořeno na CMS WebArchitect | SEO a internetový marketing

Nahoru ↑